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キャピタル・タワーの守護を担うキャピタル・ガードの候補生ベルリ・ゼナムは、初めての宇宙実習で、突如襲撃してきた謎のモビルスーツ（G-セルフ）に対し、作業用モビルスーツ（レクテン）で立ち向かう。

捕虜となったアイーダを探して海賊部隊のカーヒル大尉が、グリモアを駆りキャピタル・テリトリィに侵入。G-セルフの移動命令を受けたベルリは、港のハンガーへ急ぐが…。

海賊部隊のクリム・ニックが、アイーダ救出作戦を開始、モンテーロがキャピタル・テリトリィを急襲する。アイーダはG-セルフでの帰還を試み、ベルリ達が巻き込まれてしまう。

キャピタル・アーミィは、宇宙海賊に囚われたベルリ達の救出を口実に、デレンセンのカットシー部隊を出撃させた。その強襲に対し、クリムの駆るモンテーロとグリモア部隊に迎撃させるメガファウナ。ノレドとラライヤを人質に取られたベルリは、乗り込んでいたＧ-セルフで矢面に立たされる。

メガファウナがアメリア軍の所属艦だと知ったベルリに入隊しろと迫るクリム。そんななか、陽動作戦で艦を浮上させたメガファウナに、新型ＭＳエルフ・ブルック部隊を率いたマスクが襲いかかる。ベルリはＧ-セルフから外していたコア・ファイターで戦闘空域に飛び出してしまう。

キャピタル・ガード候補生としての自覚の下、アメリア軍が地球周回軌道上に展開した宇宙艦隊を偵察するベルリ。一方、デレンセンはベルリ達救出のための雪辱戦を実行するが、G-セルフにベルリが乗っているとは知らず、交戦に突入してしまう。

ベルリの母、ウィルミットは単独で大気圏グライダーに乗り込んで地球へ降下、ベルリを探そうと試みる。ラライヤに興味を持ったクリムはG-セルフに乗せて発進させてしまう。そんな中、キャピタル・アーミィのマスクが、エルフ・ブルック部隊を率いて強襲を仕掛けてくる。

アメリア軍総監であるアイーダの父グシオンが、メガファウナに補給に現れた。新たな装備トリッキーパックを換装したG-セルフで出撃するベルリ。一方、キャピタル・タワーから来た未確認機を発見したアイーダは迎撃しようとするが、その機体はベルリの母が乗った大気圏グライダーだった。

宇宙からの驚異の話をグシオンから聞いたベルリは、真相を確かめるため、メガファウナでキャピタル・テリトリィに行こうと提案する。新たな部下バララを得たマスクは、テーブル台地に現れたメガファウナを発見。G-セルフとの遭遇戦に入るが…。

法皇との会見場に母と父を残したベルリとアイーダ達は、メガファウナをキャピタル・テリトリィから脱出させようとする。だが、その前に新型MSウーシァを擁するベッカーが立ち塞がった。高トルクパックを装備したG-セルフで迎撃するベルリは、窮地のアイーダを救えるか!?

宇宙からの脅威は、地球上のアメリア軍とキャピタル・アーミィを大いに刺激した。各勢力が次々に戦力を宇宙へ上げてしまう。スペース・ガランデンから出撃したマスク部隊は、G-セルフとラライヤの奪取を図ってメガファウナを強襲、宇宙戦を展開する。

宇宙に上がったアメリア艦隊はザンクト・ポルトへ向け進軍する。阻止せんと出撃したマスクは、クリムの青いジャハナムとの戦闘に突入。ベルリはアサルトパック装備のG-セルフで戦いを止めようと戦場に割って入るが…。

月から来た謎の艦隊によって、アメリアの補給艦が撃沈された。地球人同士という意識で連携したクリムとマスクは、投降に見せかけて敵旗艦の強襲作戦を実行。G-セルフのベルリもその作戦に協力することになる。

ザンクト・ポルトでは、月から来たドレット将軍と地球側のグシオン達との間で会談が行われる。だが、会談直後、マスクとクリムはザンクト・ポルトを盾にしたモビルスーツ戦を敢行する。ベルリは聖域を無視した戦いに怒りを覚え…。

メガファウナは月の裏側のトワサンガへ進路を取る。故郷の現状をベルリ達に教えるラライヤ。一方、クリムとマスク、それぞれの艦も月へ進軍するが、ドレット艦隊のマッシュナーはロックパイに追撃戦を命じる。

ラライヤの故郷で出生の秘密を知ったベルリは、マスクのスペース・ガランデンが現れたと聞き、G-セルフで勝手に出撃してしまう。そのG-セルフにトワサンガ守備隊のガヴァン率いるモビルスーツ部隊が襲いかかってくる。

トワサンガの外壁が破れ、スペースデブリ集めを手伝うメガファウナ。アイーダは、隕石風船を隠れ蓑にしてトワサンガから逃げ出そうと言い出す。一方、モビルスーツ、ビフロンのテストのためにマスク部隊が出撃する。

G-セルフを奪取しようとメガファウナに乗り込むマスク。トワサンガからも新たなモビルスーツが出撃してG-セルフを狙う。ベルリが囮になる中、メガファウナはフォトン・バッテリーを運ぶ輸送船に逃げ込もうとする。

金星近くに作られたスペースコロニー、ビーナス・グロゥブへ行く輸送船に乗り込んだベルリ達は、マラソンをやらされたりメカの点検整備をしたりと大忙し。そんな中、出迎えに来たというジット団と名乗る一団が現れるが…。

ハイジャックされた輸送船から逃げ出したメガファウナは、ビーナス・グロゥブを統べるラ・グー総裁のいる場所を目指す。G-セルフを取り戻したベルリは、ジット団の追撃を受け、フレームのある宇宙の中に迷い込んだ。

巨大モビルアーマー、コンキュデベヌスでG-セルフを焼却しようとするジット団の隊長キア・ムベッキ。だが、宇宙に作られた人工の海、オーシャン・リングに発生した緊急事態を収拾するため、決死の作戦を敢行する。

フルムーン・シップで地球へ向かったジット団を追い、地球圏に戻ったメガファウナを待っていたのは、キャピタル・アーミィ、アメリア軍、ドレット軍の三つ巴の戦争だった。その戦場には数々の再会も待ち受けていた。

フルムーン・シップと接触しようとするマスク。その援軍に出るベッカー部隊。阻止のため動いたアメリア軍とドレット軍は艦隊戦に突入。その戦いに巻き込まれたベルリは、ロックパイのガイトラッシュと対決するが…。

アイーダの父、アメリア軍総監のグシオンはドレット艦隊と協力してキャピタル・アーミィを叩くとクリムに断言する。だが、バララの大型モビルアーマー、ユグドラシルが2つの艦隊を直撃、宇宙に死のカレイドスコープが閃く。

パーフェクトバックパック装備のG-セルフで出撃するベルリ。その眼前に立ち塞がるマスクのカバカーリーとマニィのジーラッハ。ビーナス・グロゥブの新型モビルスーツが乱舞する戦場は重力に引かれ大気圏の灼熱地獄に突入する。

戦いをやめさせるため戦場を駆けるベルリだが、強敵からの猛攻で窮地に追い込まれる。一方、ジュガンが率いるランゲバインとウーシァ部隊を相手に奮戦するクリムとミック。夜明けに染まるギアナ高地の上空で様々な想いが交錯していく……。